Odrębną kwestią wymagającą krótkiego komentarza było prawo łaski (art. 13 i 69). Wydaje się bowiem, że spośród elementów wymiaru sprawiedliwości, wynikających z art. 13 Konstytucji kwietniowej, który włączono pod „umowę paryską”, ta kompetencja wyłamywała się spod jej egzekucji. Ius agratiandi od zarania dziejów Polski przypisywane było do osoby władcy. Choć na przestrzeni wieków miało ono niejednolity przedmiotowo charakter, to było usankcjonowane we wszystkich polskich konstytucjach w prerogatywach najważniejszej osoby w polskim państwie. Dotyczyło to także okresu obowiązywania konstytucji z 1935 r. w czasie II wojny światowej, ponieważ materiały źródłowe dowodzą, że prezydent W. Raczkiewicz stosował to prawo i nic nie wskazuje na to, aby udzielał ułaskawienia po „ściślejszym porozumieniu z Rządem”. Wykorzystując swe konstytucyjne prawo z art. 13 i 69, zastosował akt łaski poprzez zawieszenie kary pozbawienia wolności w stosunku do osoby skazanej przez Sąd Morski w Wielkiej Brytanii w 1943 r.

Był jeden wyjątek dotyczący wykorzystywania prawa łaski podczas II wojny światowej. Otóż 6 czerwca 1940 r. prezydent W. Raczkiewicz subdelegował naczelnego wodza do stosowania prawa łaski „do darowywania i łagodzenia [.] kar” w stosun­ku do osób skazanych przez sądy polowe i morskie sądy wojenne.

Zwierzchnictwo nad wymiarem sprawiedliwości podlegające Prezydentowi RP ule­gło samoistnemu ograniczeniu, które nie wynikało z „umowy paryskiej”, lecz z utraty kontroli nad instytucjami sądowymi. Te bowiem we wrześniu 1939 r. zawiesiły swe czynności (ostatnie rozprawy w Warszawie odbyły się 4 września). W następnych mie­siącach poddano je nadzorowi okupanta, który własnymi aktami prawnymi starał się je całkowicie od siebie uzależnić. Na ziemiach polskich, które znalazły pod władzą nie­miecką, dnia 19 lutego 1940 r. wydano rozporządzenie zmieniające dotychczasowe przepisy proceduralne oraz normy dotyczące ustroju sądów powszechnych. W Gene­ralnym Gubernatorstwie zlikwidowano Sąd Najwyższy, „wprowadzono nadzór służbo­wy szefa okręgu administracyjnego usuwając w ten sposób nadzór (art. 71-75 Prawo o ustroju sądów powszechnych); [.] funkcje zniesionych sądów pracy przekazano są­dom grodzkim; [.] sądy dyscyplinarne [.] przestały funkcjonować; wprowadzono formułę, iż wyroki zapadają «w imieniu prawa» [a nie w imieniu Rzeczypospolitej — B.B. i G.K.]; przewidziano utworzenie odrębnego sądownictwa dla zwarcie osiedlo­nych grup narodowościowych (prawdopodobnie dla Ukraińców); [.] dopuszczono sprawdzenie prawomocnych orzeczeń sądów polskich przez sąd niemiecki”.