Za rządów premiera Tadeusza Mazowieckiego SB została rozwiązana i powstała nowa służba: Urząd Ochrony Państwa. „Metoda przyjęta w Polsce, także za radą naszych ekspertów, była inna, niż po stronie czeskiej, gdzie wszystkich zwolnili, czy niemieckiej, gdzie mogli sobie pozwolić, by z dnia na dzień zastąpić funkcjonariuszy z NRD tymi z RFN – mówi Rzepliński - Trzeba było to zrobić inaczej. Ostrożnie, ale jednocześnie konsekwentnie, by nie skończyło się, jak np. na Ukrainie, gdzie do dziś służba w KGB w czasach sowieckich nikogo nie hańbi. Jeśli więc nawet w polskich służbach liczbowo nadal dominowali dawni funkcjonariusze SB, to miała jednak miejsce, lepsza czy gorsza - weryfikacja. Liczba funkcjonariuszy została zredukowana cztery razy, z 24 tys. do 6 tys., funkcje kierownicze pełnili nowi ludzie – czasem, w sensie technicznym, zupełnie zieloni, a dawni esbecy – ci, którzy się ostali, generalnie to respektowali”.

Działania Fundacji były nastawione nie tylko na policję tajną, ale również kryminalną. „Organizowaliśmy obiady robocze z szefem MSW Jerzym Milczanowskim i jego zastępcą Jerzym Zimowskim. Dyskutowaliśmy na nich, co zrobić, żeby była to sprawna policja, która nie da się wciągać w układy z powstającą gangsterką, tworzoną także przez byłych funkcjonariuszy, którzy nie zostali pozytywnie zweryfikowani”. Profesor Rzepliński uważa, że w tych działaniach Polska może mówić o szczęściu. „Udało nam się lepiej niż innym – stwierdza - Nie mieliśmy oligarchów. Naturalnie media pisały o mafii, ale to była mafia, która jak tylko zaczęła być bardziej groźna, wtedy szybko udało się ją rozbić w końcu lat 90-tych, gdy powstało Centralne Biuro Śledcze”. W jego utworzeniu także miało udział środowisko Fundacji w osobie Rzeplińskiego, który napisał projekt ustawy, będącej podwaliną pod powstanie Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych.