Błędu tego nie powielała za to propozycja nowej konstytucji zgłoszona przez Samoobronę. Choć projekt ten również koncentrował się na wzmocnieniu pozycji prezydenta, to jednocześnie osłabiał, i to zdecydowanie, stanowisko drugiego członu władzy wykonawczej, tj. Rady Ministrów, wychodząc ze słusznego założenia, że w obrębie egzekutywy tylko jeden jej człon może zajmować pozycję dominującą. Propozycja Samoobrony konsekwentnie zakładała, że pionem tym będzie prezydent. Stąd był on potraktowany nie tylko jako głowa państwa, ale również — jeśli nie przede wszystkim — jako podmiot prowadzący politykę wewnętrzną i zagraniczną co, uwzględniając brzmienie obowiązującej Konstytucji RP, stanowiło przesuniecie tego zadania z rządu na prezydenta, wyraźnie dowodząc kierunku proponowanych modyfikacji w zakresie systemu rządów. Co więcej, byt Rady Ministrów w dużej mierze był uzależniony od prezydenta, natomiast jego związki z Sejmem zostały wyraźnie poluzowane. Najbardziej widoczne było to na etapie tworzenia rządu, gdzie w ogóle nie przewidziano parlamentarnej inwestytury, uznając, że to wyłącznie prezydent odpowiada za formowanie rządu, w tym zwłaszcza jego personalne i polityczne oblicze (premier miałby jedynie konstytucyjny obowiązek przedstawienia Sejmowi programu działania rządu, jednak bez żadnych konsekwencji z tego wynikających). Stanowiło to nie tylko dowód na ponadprzeciętne zaznaczenie pozycji ustrojowej prezydenta, ale również oddalenie się od wzorca systemu parlamentarnego, w którym swoistą sprężyną napędową działania całego systemu rządów są związki gabinetu z większością parlamentarną. Niemniej sama logika systemu parlamentarnego również nie została ostatecznie czy jednoznacznie zakwestionowana, gdyż utrzymano, choć w dalece zmienionej postaci, sejmowe wotum nieufności dla rządu. To ostatnie również na tle wszystkich innych propozycji reform konstytucyjnych — było oryginalne. Wystarczy powiedzieć, że wyeliminowano z niego konstruktywną postać i zastąpiono go zwykłym, niekonstruktywnym mechanizmem wyrażania dezaprobaty politycznej wobec działań Rady Ministrów (por. art. 145). Choć tego rodzaju propozycja może wydawać się nielogiczna, to można domniemywać, że miała swój głęboki, przemyślany sens. Skuteczne wyrażenie nieufności Radzie Ministrów otwierało bowiem, przy absencji jednoczesnego mechanizmu kreacyjnego, jakim jest jego postać konstruktywna, „zwykłą” procedurę tworzenia rządu, w której dominującą rolę odgrywał prezydent. W efekcie brak racjonalizacji w punkcie, jakim jest konstruktywne wotum nieufności, nie był bynajmniej tożsamy z brakiem racjonalizacji parlamentarnego systemu rządów w ogóle, ale raczej z racjonalizacją rozumianą jako przesunięcie punktu ciężkości tego systemu w stronę prezydenta jako podmiotu kluczowego we wszystkich relacjach zachodzących w trójkącie parlament-prezydent-rząd. Widać to tym bardziej, jeśli uwzględni się fakt, że przeforsowanie w Sejmie wotum nieufności było praktycznie niemożliwe. Jego skuteczne zgłoszenie wymagało poparcia połowy ustawowej liczby posłów, zaś uchwalenie wymagało zebrania większości 2/3 głosów, co czyniło je instytucją niemal niemożliwą do zastosowania. Wydaje się jednak, że właśnie w tej procedurze można dopatrywać się właściwego sensu systemu rządów, jaki mieli na myśli projektodawcy Samoobrony. Mimo utrzymania dualizmu władzy wykonawczej, a więc rozwiązania typowego dla systemu parlamentarnego, był to bowiem system wyraźnie grawitujący w kierunku systemu prezydenckiego. Świadczyć o tym może, po pierwsze, utrzymanie konstrukcji przewidującej przede wszystkim wykonawczą rolę prezydenta, po drugie, wyeliminowanie parlamentarnego rodowodu rządu poprzez zrezygnowanie z instytucji inwestytury, po trzecie i najważniejsze, maksymalne utrudnienie skutecznej możliwości wyrażenia przez parlament dezaprobaty dla politycznych działań Rady Ministrów. W konsekwencji zachowanie istoty systemu parlamentarnego, tj. istnienia rządu popieranego przez arytmetyczną większość w parlamencie — według propozycji ustrojowych Samoobrony — było możliwe jedynie w przypadku ukształtowania się w Sejmie zdyscyplinowanej większości 2/3. Tylko taka większość dawała bowiem parlamentowi realny wpływ na skład, program i funkcjonowanie rządu, gdyż — po pierwsze — doprowadzała do końca procedurę wyrażania wotum nieufności, po drugie — poprzez skuteczność wotum nieufności limitowała prezydenta, który mianując Radę Ministrów musiał się liczyć z możliwością jej storpedowania przez Sejm. W każdym innym przypadku faktycznym dysponentem Rady Ministrów stawał się prezydent, przez co projektowany system rządów z pozycji parlamentarnych przechodził na pozycje prezydenckie. Nadmienić też trzeba, że dla projektodawców propozycji ustrojowych Samoobrony to system prezydencki, czy też — mówiąc precyzyjniej — okołoprezydencki był normą, podczas gdy skierowanie systemu na tory parlamentaryzmu (przy istnieniu silnej i zdyscyplinowanej większości sejmowej) było raczej wyjątkiem niż regułą. Świadczyć o tym mogą m.in.: propozycja, żeby wnioskodawcą wyrażania wotum zaufania Radzie Ministrów był wyłącznie Prezydent RP (art. 146) bez równoczesnego wyekwipowania w to prawo szefa rządu (sic!), czy też możliwość samodzielnego i zupełnie dowolnego zdymisjonowania prezesa Rady Ministrów, a — co za tym idzie — i całej Rady Ministrów przez prezydenta (art. 147 ust. 2). To ostatnie rozwiązanie implicite wprowadzało polityczną odpowiedzialność rządu przed głową państwa, która — uwzględniając całość przepisów konstytucyjnych — urastała do rangi kluczowej i podstawowej formy egzekwowania odpowiedzialności politycznej rządu.