Krajowa Rada Sądownictwa zauważa, że w projekcie znalazły się również nowe rozwiązania związane z łączeniem spraw do wspólnego rozpoznania. Praktyka funkcjonowania Trybunału Konstytucyjnego dowiodła, że wielokrotnie różne podmioty inicjują sprawy hierarchicznej kontroli tych samych norm. Łączne rozpoznanie takich spraw niewątpliwie sprzyja nie tylko skróceniu okresu oczekiwania na rozstrzygnięcie Trybunału, ale wpływa również na większą jednolitość orzecznictwa Trybunału. Autor projektu wprowadził jednak, niespotykane dotychczas ograniczenie możliwości łączenia spraw do wspólnego rozpoznania – w art. 64 ust. 3 projektu wskazano bowiem, że „łączne rozpoznanie nie może dotyczyć spraw zainicjowanych w różnych trybach kontroli”. Nie jest jasne czy projektodawca tym sformułowaniem obejmuje tryby kontroli norm, a zatem sprawy zainicjowane: wnioskiem represyjnym, wnioskiem prewencyjnym Prezydenta, skargą konstytucyjną lub pytaniem prawnym. Krajowa Rada Sądownictwa zauważa, że analiza przedmiotów spraw wpływających do Trybunału w różnych trybach kontroli hierarchicznej zgodności norm prowadzi do wniosku, że często się one pokrywają. Nie można zatem wykluczyć, że zarówno skarga konstytucyjna jak i pytanie prawne czy wniosek, będą dotyczyć tego samego zagadnienia. Z kolei różnice w zakresie rozpoznania ww. kategorii spraw w postępowaniu merytorycznym z pewnością nie stoją na przeszkodzie ich wspólnemu rozpatrzeniu (różnice dotyczą bowiem przede wszystkim przesłanek wniesienia poszczególnych pism wszczynających sprawy, nie zaś zasad wydawania wyroku).

W projekcie zawarto ponadto przepis ograniczający możliwość skorzystania przez jednostkę z konstytucyjnego prawa podmiotowego do wniesienia skargi konstytucyjnej. Projektodawca, korzystając z poprzednio obowiązujących regulacji, zdecydował się ograniczyć możliwość skorzystania z ww. prawa podmiotowego trzymiesięcznym terminem na wniesienie skargi od dnia doręczenia skarżącemu ostatecznego orzeczenia w rozumieniu art. 79 ust. 1 Konstytucji. Autor uzasadnienia nie przedstawił jednak wyjaśnienia, jak należy rozumieć ten termin, a w szczególności czy jest to termin procesowy podlegający przywróceniu na zasadach ogólnych czy też np. termin prawa materialnego, którego upływ oznaczać miałby wygaśnięcie prawa do wniesienia skargi konstytucyjnej. Przedstawienie uzasadnienia w tym zakresie jest w ocenie Krajowej Rady Sądownictwa niezbędne nie tylko z powodu ewentualnych problemów interpretacyjnych, ale również z uwagi na konieczność wykazania, że projektowana regulacja spełnia test z art. 31 ust. 3 Konstytucji.
Z akceptacją natomiast Krajowa Rada Sądownictwa odnotowuje powrót do szczegółowego uregulowania trybu postępowania Trybunału w zakresie postępowania w sprawie stwierdzenia przeszkody w sprawowaniu urzędu przez Prezydenta. Brak szczegółowej regulacji w tym zakresie groził istotnymi konsekwencjami dla funkcjonowania państwa, które mogły się ujawnić w sytuacji przejściowej przeszkody w sprawowaniu urzędu przez Prezydenta. Analizując treść omawianej regulacji należy zwrócić uwagę, że z brzmienia art. 103 ust. 2 pkt 2 i 3 projektu wynika, że w sprawach dotyczących przejściowej niezdolności do pełnienia urzędu przez Prezydenta, Trybunał miałby wydawać dwa orzeczenia: pierwsze, w którym stwierdzałby przeszkodę w sprawowaniu urzędu i drugie, w którym powierzałby Marszałkowi Sejmu tymczasowe wykonywanie obowiązków Prezydenta. Tymczasem logika art. 131 ust. 1 Konstytucji sugeruje, że powierzenie Marszałkowi Sejmu tymczasowego wykonywania obowiązków Prezydenta jest obligatoryjnym następstwem stwierdzenia przejściowej przeszkody w sprawowaniu urzędu przez Prezydenta. Jest zatem konstytucyjnie niedopuszczalne, by Trybunał wydawał tylko jedno z tych rozstrzygnięć. Dlatego też w ocenie Krajowej Rady Sądownictwa należy w tekście ustawy podkreślić, że w jednym i tym samym orzeczeniu Trybunał powinien zawrzeć oba wymienione wyżej rozstrzygnięcia. Ponadto należy zauważyć, że z art. 90 ust. 1 wynika, że Marszałek Sejmu może ponownie zwrócić się do Trybunału z wnioskiem, o którym mowa w art. 131 ust. 1 Konstytucji dopiero „po upływie terminu, na jaki Trybunał powierzył Marszałkowi Sejmu tymczasowe wykonywanie obowiązków Prezydenta”. Oznacza to, że w razie trwania przejściowej przeszkody w sprawowaniu urzędu ponad czas wskazany w pierwotnym orzeczeniu Trybunału, dojdzie do co najmniej chwilowego (a maksymalnie dwudniowego – zob. art. art. 90 ust. 2 w związku z art. 87 ust. 1 i art. 88 ust. 2 projektu) braku podmiotu, który mógłby wykonywać kompetencje Prezydenta RP. Jest również istotne, aby rozstrzygnąć już na etapie prac legislacyjnych, czy w razie przeszkody również po stronie Marszałka Sejmu (np. nieobsadzenia tego stanowiska), wniosek o którym mowa w art. 131 ust. 1 zdanie drugie Konstytucji, może złożyć Marszałek Senatu (przede wszystkim z uwagi na treść art. 131 ust. 3 Konstytucji).
Krajowa Rada Sądownictwa zauważa, że w opiniowanym projekcie powrócono do koncepcji rozprawy z ustawy z 1997 r. Rozprawa była wtedy organizowana dopiero wtedy, gdy skład orzekający Trybunału był w zasadzie gotowy do rozstrzygnięcia sprawy i tylko wyjątkowo rozprawa nie kończyła się ogłoszeniem orzeczenia. W toku prac nad ustawą z 2015 r. zgłaszano postulat racjonalizacji trybu postępowania rozpoznawczego w Trybunale, czego efektem była zasada, zgodnie z którą, gdy sprawę rozpoznawano na rozprawie, orzeczenie z uzasadnieniem wydawano w terminie 3 miesięcy od zamknięcia rozprawy. Taki stan prawny pozwalał na przeprowadzenie rozprawy wtedy, kiedy jest to konieczne dla rozpoznania sprawy, a nie wymuszał rozprawy jako formalnego wymogu dla wydania wyroku.