Zastanawiający jest również dobór nazw jednostek wewnętrznych tworzonych organizmów, np. „Wydział Weryfikacyjny”, w skład którego w istocie mają wchodzić osoby przygotowujące do rozpoznania sprawy w ramach wstępnej kontroli skarg konstytucyjnych i wniosków podmiotów legitymowanych szczególnie. Nie jest również wiadome, dlaczego projektodawca przewiduje zatrudnienie w trybie konkursowym wyłącznie asystentów sędziów TK, a już z wymogu tego rezygnuje w odniesieniu do wszystkich innych pracowników nowych jednostek organizacyjnych Trybunału. W ocenie Krajowej Rady Sądownictwa należy ponadto rozważyć, czy warunek posiadania obywatelstwa polskiego przez wszystkich pracowników Biura Służby Prawnej Trybunału jest zgodny z unijną swobodą przepływu pracowników (art. 45 Traktatu o funkcjonowaniu UE), w szczególności z uwagi na fakt, że takiego wymagania nie przewiduje ustawa z dnia 18 grudnia 1998 r. o pracownikach sądów i prokuratur (Dz. U. z 2015 r. poz. 1241 ze zm.). Istotne wątpliwości z perspektywy zasady odrębności i niezależności sądów i trybunałów budzi również zamiar powierzenia Dyrektorowi Kancelarii Trybunału kompetencji gospodarowania majątkiem pozostającym w zarządzie Trybunału, jak również regulowanie wysokości wynagrodzenia Dyrektora Kancelarii oraz Dyrektora Biura Służby Prawnej w drodze rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości, wydawanego na podstawie przepisów ustawy – Prawo o ustroju sądów powszechnych. Wypada tylko przypomnieć, że jakikolwiek organizacyjny lub administracyjny wpływ organu władzy wykonawczej na funkcjonowanie Trybunału Konstytucyjnego jest niedopuszczalny, a Trybunał Konstytucyjny nie jest sądem powszechnym, nad którym Minister Sprawiedliwości sprawuje nadzór administracyjny.