V. Trybunał uznał, że stwierdzenie niekonstytucyjności aktu normatywnego ze względu na tryb jego wydania nie wyłącza dopuszczalności badania także zarzutów dotyczących treści poszczególnych przepisów tego aktu. Równoległe stosowanie dwóch rodzajów kryteriów oceny konstytucyjności przewiduje art. 50 ust. 3 ustawy o TK, a potwierdza praktyka Trybunału. Weryfikacja licznych zarzutów dotyczących treści zaskarżonych przepisów jest potrzebna na wypadek podejmowania przez ustawodawcę dalszych zamierzeń legislacyjnych, odnoszących się do organizacji i funkcjonowania Trybunału. Pozwala bowiem na wskazanie tych rozwiązań normatywnych, które ewentualnie są nie do pogodzenia z Konstytucją i nie mieszczą się w zakresie swobody ustawodawcy.

VI. Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 5 ustawy nowelizującej, który przewiduje, że ustawa ta wchodzi w życie z dniem ogłoszenia, jest niezgodny z art. 2 i art. 188 ust. 1 Konstytucji oraz nie jest niezgodny z art. 8 ust. 1 Konstytucji.

Trybunał stwierdził, że brak wprowadzenia przez ustawodawcę vacatio legis jest szczególnie rażący w kontekście przepisów przejściowych, które przewidują nakaz stosowania ustawy nowej. Trybunał Konstytucyjny został pozbawiony możliwości odpowiedniego przygotowania się od strony organizacyjnej do wymagań wprowadzonych ustawą nowelizującą. Może to prowadzić do przerw w wykonywaniu określonych w Konstytucji kompetencji Trybunału oraz do przewlekłości postępowań toczących się przed Trybunałem.

Kwestionowany przepis negatywnie oddziałuje także na prawa i obowiązki podmiotów uczestniczących w postępowaniach przed Trybunałem (w szczególności obywateli wnoszących skargi konstytucyjne), a także na sądy występujące z pytaniami prawnymi. Ustawodawca nie wyznaczył żadnego okresu adaptacyjnego, w którym adresaci norm przewidzianych w ustawie nowelizującej mogliby przystosować się do nowych uregulowań i zaplanować swoje działania z uwzględnieniem wszystkich związanych z tym skutków prawnych. Ustawodawca nie wskazał przy tym, jaki ważny interes publiczny czy istotne wartości konstytucyjne przemawiały za tym, by przepisy dotyczące organizacji sądu konstytucyjnego i trybu postępowania w sprawach zawisłych przed Trybunałem wprowadzić w życie z dniem ich ogłoszenia.

Trybunał stwierdził, że art. 5 ustawy nowelizującej realizuje cel, jakim było utrudnienie czy wręcz uniemożliwienie dokonania kontroli konstytucyjności tej ustawy przed jej wejściem w życie. Art. 5 ustawy nowelizującej nie wykluczał natomiast kontroli konstytucyjności tej ustawy po jej wejściu w życie – jednak tylko na zasadach w niej przewidzianych. Trybunał Konstytucyjny uznaje to za niedopuszczalne. W ocenie Trybunału, wskazane działanie ustawodawcy zmierzało do obejścia art. 188 pkt 1 Konstytucji.