Z mocy art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 25 czerwca 2009 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym (Dz. U. Nr 214, poz. 1658) przepisów art. 21 ust. 1 rozporządzenia nr 1371/2007/WE nie stosowało się również do dnia 30 czerwca 2011 r.. do krajowych połączeń pasażerskich oraz połączeń ze stacjami położonymi poza granicami Unii Europejskiej. Ponadto od dnia 1 lipca 2011 r., na okres nie dłuższy niż do dnia 3 grudnia 2014 r. ze stosowania tych przepisów mogą być zwolnione powyższe połączenia i ujęte na liście określonej na podstawie art. 2 ust. 3 ustawy o zmianie ustawy o transporcie kolejowym, na wniosek zainteresowanego podmiotu, określającego w szczególności zakres zwolnienia oraz harmonogram dostosowania się do przepisów rozporządzenia, złożony do ministra właściwego do spraw transportu w terminie do dnia 31 grudnia 2010 r. (art. 2 ust. 2 ustawy o zmianie ustawy o transporcie kolejowym). Wskazany art. 2 ust. 3 ustawy o zmianie ustawy o transporcie kolejowym stanowi zaś, że minister właściwy do spraw transportu może określić w drodze rozporządzenia, na podstawie złożonych wniosków, listę krajowych połączeń pasażerskich oraz połączeń ze stacjami położonymi poza granicami Unii Europejskiej, zwolnionych ze stosowania m. in. art. 21 ust. 1 rozporządzenia nr 1371/2007/WE, biorąc pod uwagę możliwości finansowe i organizacyjne podmiotów wnoszących o zwolnienie. Zwolnienie to może zostać przedłużone dwukrotnie, na wniosek zainteresowanego podmiotu, za każdym razem na okres nieprzekraczający 5 lat (art. 2 ust. 4 ustawy o zmianie ustawy o transporcie kolejowym).