Projekt przewiduje mianowicie powołanie nowego ciała o charakterze samorządowym w postaci Zgromadzenia Ogólnego Prokuratorów Prokuratury Generalnej. Najwyraźniej w założeniu miałoby ono być ciałem nadrzędnym – a w każdym razie konkurencyjnym – wobec Krajowej Rady Prokuratury. Przykładami tego może być wyposażenie owego Zgromadzenia w prawo do opiniowania kandydatów na stanowisko Prokuratora Generalnego zgłoszonych przez Krajową Radę Sądownictwa i Krajową Radę Prokuratury czy też opiniowanie kandydatów na zastępców Prokuratora Generalnego oraz opiniowanie kandydatów na stanowiska prokuratorów Prokuratury Generalnej. Jeśli zważyć przy tym, że to Zgromadzenie owo w żadnej części nie pochodzi z wyboru (jak chociażby zgromadzenie prokuratorów prokuratury apelacyjnej), obradować ma pod przewodnictwem Prokuratora Generalnego, który przecież jest jednocześnie bezpośrednim przełożonym wszystkich prokuratorów Prokuratury Generalnej, to musi powodować powstanie zastrzeżeń (nawet, jeśli miałyby one być niezasadne) co do faktycznej niezależności działania tego ciała kolegialnego.

Przy okazji, w projekcie znajdują się oczywiste nonsensy i błędy (zresztą nie tylko w tej kwestii), chociażby w postaci równoczesnego utrzymania instytucji „zebrania prokuratorów Prokuratury Generalnej”. Przykładem jest określenie w art. 23 ust. 1, iż w skład Krajowej Rady Prokuratury wchodzi „trzech prokuratorów wybranych przez zebranie prokuratorów Prokuratury Generalnej” czy też brak zmiany art. 24 pkt 22, zgodnie z którym Krajowa Rada Prokuratury ustala liczbę członków sądów dyscyplinarnych wybieranych przez zebranie prokuratorów Prokuratury Generalnej. Jednocześnie w przewidywanych kompetencjach Zgromadzenia Ogólnego Prokuratorów Prokuratury Generalnej takich zapisów nie ma (a przypomnieć tu jeszcze trzeba o kwestii np. wyrażania opinii w sprawie pomocy na zaspokojenie potrzeb mieszkaniowych).

Drugim niezwykle istotnym problemem jest zmiana trybu powoływania na stanowisko prokuratora. Nieprzypadkowo ustawodawca zdecydował się na wprowadzenie trybu analogicznego do powoływania sędziów, dając tu znaczne kompetencje Krajowej Radzie Prokuratury. Bez wniosku Rady nikogo na takie stanowisko obecnie powołać nie można. Miało to w założeniu zapobiegać woluntarystycznym decyzjom o powołaniu na stanowiska prokuratorskie, dobrze znanym z praktyki. Co więcej, doświadczenia prawie 2 lat funkcjonowania tego systemu pozwalają na ocenę, że sprawdził się on w działaniu. Prokurator Generalny może nie zaakceptować wniosku Krajowej Rady Prokuratury, co zdarzyło się kilka razy, lecz nie ma prawa do nominacji pomijającej wniosek Rady. Projekt zmierza do ograniczenia roli Krajowej Rady Prokuratury do wskazywania 2 kandydatów, z których jednego wybierałby Prokurator Generalny. Niezrozumiała jest przy tym propozycja zmiany punktu 9 w art. 24 mówiąca o przedstawianiu „dwóch kandydatów”, którzy „uzyskali pozytywną rekomendację Krajowej Rady Prokuratury”. Co miałaby oznaczać owa „pozytywna rekomendacja”, nie wiadomo.