Krajowa Rada Prokuratury podkreśla z naciskiem, że niektóre rozwiązania projektu ustawy doprowadziłyby do istotnego zakłócenia prawidłowego funkcjonowania działalności prokuratury. Świadczą one także o niedostatecznej znajomości przez twórców projektu realiów działania tej instytucji.

Dotyczy to w szczególności wprowadzenia zasad właściwości rzeczowej prokuratur okręgowych – do prowadzenia i nadzorowania postępowań przygotowawczych w sprawach należących do właściwości sądu okręgowego. Po pierwsze, materia ta należy raczej do określenia w Regulaminie powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury. Po drugie, uzasadnienie takiego rozwiązania wydaje się wątpliwe. Porównanie rzekomych dysproporcji obciążenia prokuratorów prokuratur okręgowych i rejonowych jest mylące i powierzchowne, opierając się tylko na kryteriach prymitywnie rozumianej i przytaczanej statystyki. Trzeba stwierdzić, że znaczna część spraw określanych jako poważne przestępstwa kryminalne (przykładowo zabójstwa czy rozboje) pod względem dowodowym często jest mniej skomplikowana od spraw o wiele innych przestępstw np. o oszustwa należących do właściwości sądów rejonowych. Większość spraw nadzorowanych przez prokuratorów prokuratur rejonowych jest nieporównywalna pod względem pracochłonności. Prokuratury okręgowe wykonują równocześnie wiele czynności nie związanych bezpośrednio z prowadzeniem postępowań przygotowawczych, lecz równie absorbujących i niezbędnych dla prawidłowego funkcjonowania prokuratury.  Dlatego obecne rozwiązanie, w którym na szczeblu prokuratury okręgowej prowadzone są postępowania w sprawach skomplikowanych – jest po prostu właściwe. Dodać też trzeba, że propozycja taka łamie podstawowe zasady ustrojowe prokuratury – substytucji i dewolucji. Wprowadzenie jej w życie z równoczesnym stwierdzeniem, że „nie planuje się jednocześnie zmian w zakresie obsady kadrowej prokuratur okręgowych” musi doprowadzić do poważnych zaburzeń w prawidłowym działaniu jednostek prokuratury zarówno szczebla okręgowego, jak i rejonowego.