Rada Stanu zajęła odmienne stanowisko, co w przeszłości sporadycznie się zda­rzało w sprawach tego typu, ale nigdy w takiej skali, rzec by można en bloc. Tym ra­zem Rada nakreśliła w ramowy, szczegółowy sposób warunki, których spełnienie powoduje, że sfinansowanie przez samorząd wydatków związanych z miejscem kultu nie będzie skutkowało koniecznością uznania, iż udzielona przez samorząd subwencja spełnia kryteria pomocy wyznaniom, naruszając postanowienia ustawy z 1905 r. Uzna­ła, że organy zainstalowane w kościele będą mogły służyć uprawianiu kultu pod wa­runkiem szczegółowego ustalenia harmonogramu używania instrumentu przez obu użytkowników (gminę i stronę kościelną) i stosowny, proporcjonalny udział w pokry­waniu całokształtu kosztów ich eksploatacji, konserwacji itp., tak aby wyeliminować jakąkolwiek dowolność w tym względzie i zarzut pomocy udzielanej wyznaniom przez gminę będącą właścicielem obiektu. Przedmiotowy instrument nie może być zatem użytkowany przez duchownych bezpłatnie i każde porozumienie przyznające im takie prawo byłoby niezgodne z prawem. Z praktycznego punktu widzenia zdefiniowanie, określenie i rozdzielenie między dwie sfery — świecką i religijną — sposobu użytko­wania organów nie stanowi specjalnej trudności. W tym celu należy sporządzić spis wszystkich uroczystości religijnych będących liturgicznie, tradycyjnie czy okazjonal­nie powodem do użytkowania instrumentu i określić wysokość opłat. Koszty ogólne (np. strojenie, naprawy, remonty) obciążałyby obu użytkowników w ustalonych pro­porcjach. Rada Stanu sprecyzowała także, że porozumienie między gminą a parafią zawarte w formie umowy powinno zawierać — w celu wyeliminowania ewentualnych nieporozumień — szczegółowe warunki użytkowania obowiązujące oba podmioty m.in. sposób i rozkład czasowy dostępu do instrumentu, zasady wykluczające możli­wości zakłócenia wyznaniowego użytkowania miejsca, postanowienia dotyczące form i sposobów ewentualnej aktualizacji czy zmian przyjętych w umowie warunków, kwe­stie dotyczące rozstrzygania zaistniałych sporów jak również warunków i okoliczno­ści, w których może być ustanowiony termin na wykonanie poszczególnych czynno­ści czy postanowień. Można zatem uznać, że Rada Stanu narzuca dość sztywny gorset ewentualnemu porozumieniu gminy z parafią, odrzucając wariant pełnej otwartości, miękkości czy niedomówień.