Obie instancje sądów morskich obradowały w Wielkiej Brytanii (w Londynie, Liverpoolu i Glasgow). Sędziów mianował Prezydent RP na wniosek ministra sprawiedliwości skierowany do Rady Ministrów (art. 10). Przy obu sądach morskich po­wołano prokuratorów, którzy wykonywali prawnie przypisane im zadania.

Samo „postępowanie wszczynano na pisemny bądź telegraficzny wniosek kapita­na, który miał obowiązek po przybyciu do pierwszego portu brytyjskiego zawiadomić prokuratora Sądu Morskiego o liczbie przestępstw bądź też wykroczeń dyscyplinarnych, popełnionych w trakcie trwania podróży, podać nazwiska ich sprawców, a także czaso­kres pobytu statku w danym porcie”. Dobór składu orzekającego uzależniano od ro­dzaju sprawy, tj. wykroczenie lub przestępstwo (art. 20), gdyż to w dużym stopniu rzu­towało na ewentualny rodzaj i wysokość kary, które w ograniczony sposób określono w dekrecie. Zgodnie z art. 23, odstąpiono od wymierzania kary śmierci na rzecz doży­wotniego więzienia, a także przewidziano minimalny okres kary pozbawienia wolności osoby skazanej. W przypadku kary więzienia wynosiła ona jeden tydzień, a kary aresz­tu („za występek”) — jedną dobę, lecz sąd morski w szczególnych przypadkach mógł zastąpić je grzywną, którą naliczano albo w funtach brytyjskich, albo w złotówkach o stałym przeliczniku (1 zł = 10 pensów). W całej procedurze sądowej posiłkowano się przepisami kodeksu postępowania karnego (art. 28-29). Identyczna zasada procedowania obowiązywała Odwoławczy Sąd Morski podczas rozpatrywania apelacji i zażaleń od orzeczeń Sądu Morskiego lub postanowień działającego tam prokuratora.

Warto podkreślić, że polskie sądy morskie na pewnym etapie prowadzonego postę­powania były zależne od angielskiego wymiaru sprawiedliwości. Dotyczyło to wezwa­nia lub przymusowego doprowadzenia świadków lub oskarżonych (art. 33), wykony­wania orzeczeń pozbawienia wolności (art. 37), a nawet unieważnienia wyroku Sądu Morskiego. W tym ostatnim przypadku (na podstawie art. 26) dokonywał tego ewentu­alnie brytyjski High Court, który dopatrzywszy się przekroczenia uprawnień przez Sąd Morski nakazywał Odwoławczemu Sądowi Morskiemu obligatoryjne anulowanie orzeczenia pierwszej instancji. W prezydenckim dekrecie o sądach morskich zakładano również powołanie co najmniej jednego strażnika do każdej instancji (art. 19), których obowiązki regulowały odrębne przepisy polskie (tj. rozporządzenie ministra sprawiedli­wości) oraz brytyjskie (Allied Powers Maritime Courts Bill). W świetle tych przepisów osoby pełniące te funkcje uprawniano „do przetrzymywania więźniów [.] schwytania, przewozu, trzymania pod strażą, zwolnienia wspomnianych osób”.