W praktyce organów prowadzących czynności operacyjne, a ściślej kontrolę operacyjną (np. kontrolę treści rozmów telefonicznych, kontrolę komunikacji elektronicznej czy utrwalanie obrazu), wątpliwości budzi dopuszczalność dalszego prowadzenia legalnie zarządzonej kontroli, podczas której ujawnią się okoliczności dotyczące przestępstw nieujętych w postanowieniu sądu. Niewątpliwe, nie jest konieczne przerwanie takiej kontroli, ponieważ w toku jej trwania mogą zostać pozyskane informacje z zakresu spraw wskazanych w postanowieniu. Niezgodne z przepisami będzie jednak w takim przypadku zarówno uzyskanie zgody następczej w celu wykorzystania w procesie dowodu dotyczącego przestępstwa, co do którego kontrola nie może być zarządzona na podstawie k.p.k. lub ustaw przewidujących kontrolę operacyjną, jak również wydanie postanowienia sądu, gdy nie są spełnione inne przesłanki zarządzenia kontroli operacyjnej (np. gdy zarządzono kontrolę mimo że inne środki uzyskania informacji są skuteczne lub przydatne). W obu przypadkach bowiem doszłoby do zebrania informacji w sposób sprzeczny z przepisami, a zatem takich informacji nie można byłoby bezpośrednio wykorzystać jako dowodów. Z kolei, celem uzyskania takich informacji przez prokuratora jest wszczęcie postępowania in rem lub przeprowadzenie postępowania sprawdzającego.

W praktyce prokuratorskiej trudności powoduje ustalenie dopuszczalności pozyskania informacji w trybie czynności operacyjnych prowadzonych w stosunku do osób chronionych immunitetem (sędzia, prokurator, poseł, senator, dyplomata itp.), a także osób posiadających informacje, na które rozciąga się tajemnica zawodowa w rozumieniu art. 180 § 2 i 3 k.p.k. (adwokat, radca prawny, dziennikarz itp.). Należy stwierdzić, że w aktualnym stanie prawnym nie ma przeszkód, aby w toku czynności operacyjnych pozyskiwać od takich osób informacje, ponieważ celem tych czynności jest nie tylko wykrycie sprawców, ale również zebranie innych danych. Tym niemniej, warunkiem wykorzystania tak zgromadzonych informacji w procesie karnym jest uzyskanie zgody na pociągnięcie danych osób do odpowiedzialności karnej (art. 13 k.p.k. w zw. z art. 17 § 1 pkt 10 k.p.k. a contrario), względnie – uchylenie tajemnicy zawodowej wobec osób występujących w charakterze świadków lub ujawnienie dokumentów obejmujących treścią tajemnice prawnie chronione. W przepisach regulujących pozyskiwanie danych w toku czynności operacyjne nie znajduje zastosowania art. 226 k.p.k., natomiast należy wprost stosować ten przepis na etapie wykorzystania takich informacji na użytek procesu karnego.