Wybory do PE przeprowadzają: Państwowa Komisja Wyborcza, okręgowe, rejonowe i obwodowe komisje wyborcze. (W wyborach parlamentarnych nie powołuje się rejonowych komisji wyborczych, które zresztą spełniają jedynie pomocnicze funkcje obliczeniowe z terenu swojego działania).

Zasadnicza różnica występuje w ilości okręgów wyborczych: w wyborach do PE jest ich jedynie 13; w krajowych wyborach parlamentarnych – 41. Okręgami wyborczymi do PE są najczęściej województwa, z wyjątkiem połączenia w jeden okręg: województw podlaskiego i warmińsko-mazurskiego z siedzibą w Olsztynie; małopolskiego ze świętokrzyskim z siedzibą w Krakowie; dolnośląskiego z opolskim z siedzibą we Wrocławiu; lubuskiego i zachodniopomorskiego z siedzibą w Gorzowie Wielkopolskim. Miasto stołeczne Warszawa z częścią powiatów województwa mazowieckiego tworzy jeden okręg, natomiast znaczna liczba powiatów województwa mazowieckiego tworzy drugi okręg – w obu siedzibą okręgowej komisji wyborczej jest Warszawa. Liczba okręgów wyborczych w wyborach do PE zbliżona jest do ilości wojewódzkich komisji wyborczych w samorządowych wyborach do sejmików województw (17).

W okręgu wyborczym do PE nie określa się liczby wybieranych z niego posłów. Prawo zgłaszania kandydatów na posłów do PE (identycznie jak w wyborach parlamentarnych) przysługuje komitetom wyborczym: partii politycznej, koalicji partii oraz wyborców. (Zgłaszanie kandydatów na posłów przez komitety wyborcze wyborców ma charakter iluzoryczny, bowiem raczej nierealne jest pokonanie przez nich 5% progu wyborczego w skali kraju). Wysoki 5% próg wyborczy (klauzule zaporowe) preferuje partie i koalicje wyborcze partii; w wyborach do PE koalicje partii mają nawet znacznie większe przywileje (5% próg) niż w wyborach parlamentarnych, w których obowiązuje 8% próg ważnie oddanych głosów w skali kraju. Podziału mandatów między uprawnione komitety wyborcze dokonuje Państwowa Komisja Wyborcza według systemu proporcjonalnego (metoda d`Hondta). Pewną różnicą w  podziale mandatów występującą w wyborach do PE jest brak zwolnienia z pokonania progu wyborczego dla mniejszości narodowych.