Ówczesna struktura własności Jukosu nie była do końca jasna. Zgodnie z danymi opublikowanymi przez przedsiębiorstwo w 2002 roku jego największymi akcjonariuszami byli: Michaił Chodorkowski (9,5%), Leonid Niewzlin (8%), Płaton Lebiediew (8%), Władimir Dubow (7%), Michaił Brudno (7%) i Wasilij Szachnowski (4,5%).

Po kilku latach od prywatyzacji Jukos stał się potężnym przedsiębiorstwem o wielkich ambicjach. W kwietniu 2002 ogłoszono fuzję Jukosu z Sibnieftem, inną rosyjską kompanią energetyczną. W rezultacie połączenia miał powstać czwarty pod względem wydobycia koncern naftowy świata. Plany Chodorkowskiego pokrzyżował jednak Kreml.

2 lipca 2003 aresztowany został Płaton Lebiediew, wiceprezes przedsiębiorstwa. Oskarżono go o oszustwa i niepłacenie podatków. Wydarzenie to otworzyło tzw. „sprawę Jukosu”. 25 października 2003 aresztowany został Michaił Chodorkowski. Był to początek końca wielkości przedsiębiorstwa, które popadło w konflikt z władzą. Jego najważniejszymi przyczynami były: chęć Kremla, aby przejąć część aktywów Jukosu, który stał się zbyt potężny oraz ambicje polityczne jego największych akcjonariuszy. Oficjalnie Jukos został oskarżony o niepłacenie podatków w należnej wysokości. Suma zaległości przedstawionych przedsiębiorstwu do 2006 wyniosła ponad 50 mld dolarów, co przewyższało wartość całego przedsiębiorstwa sprzed „sprawy Jukosu”.

W grudniu 2004 na licytacji sprzedano, znacznie poniżej realnej wartości, największe złoże Jukosu – Jugansknieftiegaz. Przejął je Rosnieft, państwowa kompania naftowa. W sierpniu 2006 przedsiębiorstwo zostało ogłoszone bankrutem.

Michaił Chodorkowski wielokrotnie krytykował politykę prezydenta Rosji Władimira Putina. 25 października 2003 został oskarżony o nieprawidłowości przy prywatyzacji przedsiębiorstw i aresztowany. W podobny sposób zbiło majątek wielu rosyjskich oligarchów, ale nic ich za to nie spotkało. Dlatego powszechnie uważano, że Chodorkowski trafił za kraty, bo otwarcie przeciwstawiał się Putinowi.

W maju 2005 moskiewski sąd skazał Chodorkowskiego na 9 lat pozbawienia wolności i odbycie kary w kolonii karnej. We wrześniu 2005 Sąd Miejski w Moskwie obniżył karę do 8 lat. Został zesłany do uranowej kolonii IK-10 w Krasnokamiensku, w obwodzie czytyjskim.