19 stycznia 2009 Chodorkowski został przeniesiony z więzienia na Syberii do aresztu śledczego w Moskwie, gdzie oczekiwał na kolejny proces, który rozpoczął się 3 marca. W tymże procesie zostali uznani winnymi zarówno on, jak i Lebiediew.

20 grudnia 2013 roku został ułaskawiony przez Władimira Putina i wypuszczony na wolność. Jeszcze tego samego dnia opuścił Rosję. Gest Putina odbierany był jako krok mający na celu złagodzenie międzynarodowej krytyki jego rządów przed zimowymi igrzyskami olimpijskimi w Soczi.

Komentując wyrok sądu arbitrażowego w Hadze minister spraw zagranicznych Rosji Siergiej Ławrow nie wykluczył, że Moskwa odwoła się od wyroku. Dodał, że udziałowcy będą musieli dalej walczyć w sądach, by otrzymać odszkodowanie. "Strona rosyjska (...) bez wątpienia użyje wszystkich dostępnych środków prawnych, by bronić swojego stanowiska" - oświadczył.