Pomimo wprowadzenia przez UE nowych gwarancji prawnych w związku z operacjami morskimi koordynowanymi przez Frontex, na granicach niektórych państw członkowskich pogorszył się stan przestrzegania zasady non-refoulement, która stanowi, że żadnej osoby nie należy odsyłać do kraju, w którym zagrożone jest jej życie lub wolność. Standardowym rozwiązaniem stosowanym wobec osób przebywających już na terytorium unijnym, których wnioski o objęcie ochroną międzynarodową lub o zezwolenie na pobyt zostały odrzucone, a tym samym podlegających procedurze powrotu, nazbyt często pozostaje umieszczenie w ośrodku detencyjnym, natomiast system dobrowolnego powrotu wykorzystywany jest zdecydowanie za rzadko.

Wyzwania w zakresie praw podstawowych nie kończą się jednak na przybyciu migrantów do UE. Unia Europejska i jej państwa członkowskie muszą niezwłocznie opracować kompleksową i zrównoważoną politykę migracyjną, której zakres obejmie zagadnienia od kontroli granicznej, poprzez azyl, po integrację migrantów. Ochronę jednej z grup szczególnie narażonych na ryzyko wykorzystania wzmacnia przyjęta w 2014 r. dyrektywa w sprawie pracowników sezonowych (2014/36/UE). Ponadto w 2014 r. ustanowiono Fundusz Azylu, Migracji i Integracji oraz Fundusz Bezpieczeństwa Wewnętrznego, które mają funkcjonować do roku 2020. Celem dwóch nowych mechanizmów finansowania jest zapewnienie państwom członkowskim pomocy we wdrażaniu unijnego prawodawstwa migracyjnego i azylowego, budowanie solidarności pomiędzy państwami członkowskimi w kwestiach dotyczących migracji oraz wkład w zwalczanie przestępczości transgranicznej. Jednocześnie istotne znaczenie ma stworzenie nowej, pozytywnej narracji stanowiącej przeciwwagę dla negatywnego wizerunku migrantów i migracji, który dotychczas pozostaje dominującą narracją w Europie; nowa narracja powinna podkreślać wynikające z migracji korzyści dla społecznego i gospodarczego rozwoju państw przyjmujących.