Ponadto w związku z niestabilnością przepisów wielu pracodawców obawia się sytuacji, w której jakieś niezamierzone nieprawidłowości w prowadzonej przez nich dokumentacji dla PFRON skutkować będą koniecznością zwracania dotacji. Dotyczy to przede wszystkim małych przedsiębiorców.

Inne problemy, których obawiają się pracodawcy, to nadmiernie restrykcyjny system kontroli. Eksperci PI-ON wskazują na przedsiębiorców, którzy np. w związku z chwilową utratą płynności finansowej i nieuregulowaniem zobowiązań budżetowych w terminie, musieli zwracać dofinansowanie. W założeniu kontrole mają służyć ochronie osób niepełnosprawnych, w praktyce zaś często przyczyniają się do pogorszenia ich sytuacji.

Zresztą cały system wsparcia zatrudnienia osób niepełnosprawnych oparty na PFRON ma swoje liczne wady. Eksperci PI-ON wskazują m.in. na nakierowanie PFRON na gromadzenie funduszy od pracodawców oraz prostą redystrybucję tych środków, a nie na poszukiwanie twórczych, innowacyjnych rozwiązań wzmacniających zatrudnienie. Znaczny przyrost nowych miejsc pracy dla osób niepełnosprawnych grozi załamaniem finansów Funduszu, co sprawia, że nie jest w jego interesie dynamiczny rozwój zatrudnienia. I wreszcie PI-ON zwraca uwagę na praktyczny brak społecznej kontroli i mało demokratyczny sposób zarządzania PFRON oraz niemal całkowite oparcie polityki zwiększania zatrudniania na tych środkach. Zdaniem ekspertów oddzielne, niezależne środki na ten cel powinny znajdować się m.in. w budżetach samorządów.

Nie można jednak całością problemu obarczać systemu czy instytucji państwowych. Jarosław Wasiak z Towarzystwa Przyjaciół Niepełnosprawnych wspomina, że jego organizacja proponowała w swoim czasie pracodawcom deklarującym chęć zatrudnienia osób niepełnosprawnych, ale obawiających się strony formalnej, fachową pomoc w prowadzeniu dokumentacji. Okazywało się, że pracodawcy najczęściej nie podejmowali tej propozycji. Prawdopodobnie często chęć była jedynie deklaratywna, zaś realną przeszkodą okazywały się wątpliwości i uprzedzenia pracodawców.

Wasiak potwierdza, że najłatwiej do skutecznego zatrudnienia osoby niepełnosprawnej czy chorującej psychicznie dochodzi u tych pracodawców, którzy mieli bliższy kontakt z niepełnosprawnością. Dlatego tak istotne w tworzeniu warunków dla zatrudnienia osób niepełnosprawnych są edukacja i przełamywanie stereotypów.