Postulowana modyfikacja bynajmniej nie przekreśla znaczenia votum separatum (art. 100 ust. 2 projektu), ale ma na względzie właściwie pojmowany autorytet orzecznictwa Trybunału, zagrożony w przypadkach „nadmiarowego” korzystania z tej instytucji.

22) Ostatnie uwagi merytoryczne dotyczą kilku kwestii.

Po pierwsze, w sprawach badania zgodności z Konstytucją (faktycznej) działalności partii politycznej, określonych w jej statucie lub programie, projekt przyjmuje onus probandi po stronie inicjatora: ciężar udowodnienia niezgodności z Konstytucją działalności partii politycznej spoczywa na wnioskodawcy (art. 111 ust. 2). Nie jest jasnym stosunek tej specyficznej reguły do reguły ogólnej, zgodnie z którą Trybunał nie jest związany wnioskami dowodowymi uczestników postępowania i może z urzędu dopuścić dowody, które uzna za celowe dla rozstrzygnięcia sprawy (art. 59 ust. 2 projektu). Przy czym kolejna reguła, dotycząca tego przedmiotu postępowania:  wątpliwości, których nie można wyjaśnić, rozstrzyga się na korzyść partii politycznej (art. 111 ust. 3) – stanowi dość specyficzną postać reguły in dubio pro reo, przyjętej w postępowaniu karnym: Nie dające się usunąć wątpliwości rozstrzyga się na  korzyść oskarżonego (art. 5 § 2k.p.k.).

Zasadną byłaby zatem modyfikacja, polegająca na odwołaniu się nie do „niewyjaśnionych”, ale nie dających się wyjaśnić (czy usunąć) wątpliwości.

Związana z tym możliwość zlecenia przez Trybunał Prokuratorowi Generalnemu przeprowadzenia dochodzenia w celu zebrania i utrwalenia dowodów w sprawie zgodności działalności partii politycznej z Konstytucją, przy odpowiednim zastosowaniu przepisów Kodeksu postępowania karnego (art. 111 ust. 5) rodzi dwie wątpliwości. Jedna dotyczy przekreślenia wskazanej wyżej reguły ciężaru dowodu (por. art. 111 ust. 2), a druga polega na niejasności, o jakie przepis procedury karnej chodzi w przytoczonym odesłaniu: czy rzeczywiście normujące dochodzenie prowadzone przez Policję, czy raczej śledztwo prowadzone bądź nadzorowane przez prokuratora?

Wreszcie, przewidziane w projekcie pytanie sądu prowadzącego ewidencję partii politycznych w sprawie zgodności z Konstytucją statutu partii politycznej, nie tylko w zakresie celów partii, ale też zasad działania partii określonych w statucie (art. 112) – może nasuwać wątpliwości, co do określenia odnośnego przedmiotu kognicji Trybunału w art. 188 pkt 4 Konstytucji RP. Odnotujmy, że uzasadnienie projektu wprost podkreśla różnice między tym postępowaniem (z art. 112 projektu ustawy), a postępowaniem, o którym mowa w art. 188 pkt 4 Konstytucji, wszczynanym przez podmioty  wskazane w art. 191 ust. 1 pkt 1 Konstytucji” (str. 22).