Troski o ład medialny nie było też widać w innych działaniach KRRiT. NIK podkreśla niedotrzymywanie terminów rozpatrywania wniosków o odnowienie koncesji, co prowadziło do wygaśnięcia ważnej koncesji i konieczności zaprzestania nadawania. Najczęściej opóźnienia dotyczyły rozgłośni, które otrzymały propozycję od sekretarza Rady. Rekordzista na odnowienie koncesji musiał czekać 2 lata i 10 miesięcy od wygaśnięcia wcześniejszego zezwolenia, choć złożył stosowny wniosek w terminie[79].

KRRiT jako zarządca dobra rzadkiego, jakim są częstotliwości zdatne do nadawania programów radiowych i telewizyjnych, również nie wykazywał się szczególną dbałością o nie. W okresie badanym przez NIK tylko 48 procent dostępnych częstotliwości radiowych (i 86 procent telewizyjnych) zostało zaoferowanych nadawcom. Niektóre z niezagospodarowanych częstotliwości pozostawały wolne nawet przez dziewięć lat i nie były poddawane próbom komercjalizacji[80].

Działalność Krajowej Rady w okresie, gdy jej sekretarzem był Włodzimierz Czarzasty, stanowiła więc apogeum procesu odchodzenia od koncepcji Rady jako niezależnej agencji regulacyjnej. Jej przekształcenie w „miniparlament” z trwałą większością SLD-PSL-UW nie doprowadziło jednak do powstania nowej KRRiT jako „przedłużenia systemu przedstawicielskiego”, ale do jej marginalizacji. Najpierw w okresie 1997-2001 jako instytucji ignorowanej, bo kontrolowanej przez opozycję i wspierającej ją w walce z rządem[81], potem jako zbędnego gracza w grze decyzyjnej wewnątrz SLD, dodatkowo przy tym groźnego, bo kontrolowanego przez grupę interesów symbolizowanych przez Czarzastego. Głos Bolesława Sulika, który opisuje ignorowanie Krajowej Rady przez rząd Jerzego Buzka w takich sprawach, jak nowelizacja ustawy o radiofonii i telewizji, czy tworzenie strategii wobec transgranicznej telewizji cyfrowej, brzmi dramatycznie: „z kół rządowych wysłano sygnał, że w Polsce, kraju o demokratycznym prawie medialnym, z niezależnie, konstytucyjnie umocowaną instytucją regulującą, prawdziwe decyzje w tym zakresie podejmuje się nie w Krajowej Radzie Radiofonii i Telewizji, ale gdzie indziej – w organach władzy wykonawczej. Nie jest to prawdą. Dopóki funkcjonuje – w wielu sprawach już anachroniczna, ale pod względem ducha szczerze demokratyczna – ustawa o radiofonii i telewizji, nie da się ominąć KRRiT i nie można podejmować ważnych dla rynku mediów decyzji poza Krajową Radą”[82]. Sulik opisuje jednak tę samą rzeczywistość, co siedem lat późniejsze sprawozdanie z działalności KRRiT, w którym Rada skarży się, że nie miała wpływu na uchwalone w 2004 r. Prawo telekomunikacyjne, ani na kluczową dla rozwoju rynku mediów elektronicznych strategię cyfryzacji opracowaną przez Międzyresortowy Zespół do spraw Wprowadzenia Telewizji i Radiofonii Cyfrowej w Polsce[83].